Topic outline

  • General

  • 1 - Υπολογιστικές Προσεγγίσεις σε Βιολογικές Διαδικασίες

    Περιγραφή θεματικής ενότητας: Κυτταρικές Δομές, Αποκωδικοποίηση Γονιδιώματος και Συστημική Ανάλυση, Γονιδιακή Ρύθμιση, Φυλογένεση, Κλινικές και Βιολογικές Βάσεις Δεδομένων

    Λέξεις κλειδιά: εικονικό κύτταρο, αποκωδικοποίηση, γονιδιακή ρύθμιση, φυλογένεση, βάσεις δεδομένων

  • 2 - Υπολογιστικές Εφαρμογές

    Περιγραφή θεματικής ενότητας: Διαχείριση και Ανάλυση Ακολουθιών DNA, Στοίχιση Ακολουθιών, Υπολογιστική Διαχείριση και Ανάλυση Πρωτεϊνικής Πληροφορίας, Κατασκευή Φυλογενετικών Δένδρων, Ανάλυση Μικροσυστοιχιών (Microarrays) Δίκτυα Γονιδίων

    Λέξεις κλειδιά: στοίχιση ακολουθιών, δομή πρωτεϊνών, φυλογενετικά δέντρα, μικροσυστοιχίες, δίκτυα γονιδίων

  • 3 - Υπολογιστικά Εργαλεία

    Περιγραφή θεματικής ενότητας: Πιθανοκρατικό Πλαίσιο, Κρυμμένα Μοντέλα Markov, Τεχνητά Νευρωνικά Δίκτυα, Γενετικοί Αλγόριθμοι

    Λέξεις κλειδιά: τεχνητά νευρωνικά δίκτυα, κρυμμένα μοντέλα Markov, γενετικοί αλγόριθμοι, πιθανοκρατικό πλαίσιο

  • Προτεινόμενα συγγράμματα

    1. Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική (Σημειώσεις μαθήματος), Κων/νος Παπαλουκάς, Πανεπιστημιακό Τυπογραφείο
    2. Βιοπληροφορική, Andreas D. Baxevanis, Francis B.F. Ouellette, Επιστημονικές Εκδόσεις Παρισιάνου Α.Ε., 2004, ISBN: 960-394-222-7
    3. Bioinformatics and Functional Genomics, Jonathan Pevsner, John Wiley and Sons Ltd, 2009, ISBN: 978-0-470-08585-1
    • Επιπλέον συνιστώμενη βιβλιογραφία και υλικό προς μελέτη

      • T.M. Mitchell: Machine Learning. McGraw-Hill, 1997.
      • T.K. Attwood and D.J. Parry-Smith: Introduction to Bioinformatics. Addison Wesley Longman, 1999.
      • D. Higgins and W. Taylor: Bioinformatics: Sequence, structure and databanks. Oxford University Press, 2000.
      • S. Misener and S.A. Krawetz: Bioinformatics: Methods and protocols. Humana Press, 2000.
      • A. Jagota: Data analysis and classification for Bioinformatics. Bay Press, 2000.
      • J. Hasty, F. Isaacs, M. Dolnik, D. McMillen and J.J. Collins: “Designer gene networks: Towards fundamental cellular control”, Chaos, 2001, 11(1):207-220.
      • J. Hasty, D. McMillen, F. Isaacs and J.J. Collins: “Computational studies of gene regulatory networks: in numero molecular biology”, Nature Reviews Genetics, 2001, 2(4):268-279.
      • A.M. Lesk: Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, 2002.
      • H.-W. Mewes, H. Seidel and B. Weiss: Bioinformatics and Genome Analysis. Springer-Verlag, 2002.
      • G.B. Fogel and D.W. Corne: Evolutionary Computation in Bioinformatics. Morgan Kaufmann, 2002.
      • S.A. Karwetz, D.D. Womble and S.A. Krawetz: Introduction to Bioinformatics: A Theoretical and Practical Approach. Humana Press, 2003.
      • J.D. Tisdall: Mastering Perl for Bioinformatics. O'Reilly & Associates, 2003.
      • P.E. Bourne and H. Weissig: Structural Bioinformatics. Wiley-Liss, 2003.
      • B.M. Slepchenko, J.C. Schaff, I. Macara and L.M. Loew: “Quantitative cell biology with the Virtual Cell”, Trends in Cell Biology, 2003, 13(11):570-576.
      • A. Tozeren and S.W. Byers: New Biology for Engineers and Computer Scientists. Pearson Prentice Hall, 2004.
      • M. Schena and S. Knudsen: Guide to Analysis of DNA Microarray Data, 2nd Edition and Microarray Analysis Set. John Wiley & Sons, 2004.